Vous connaissez déjà le microbiote, cet organe à part entière faisant l’objet de nombreuses recherches, impliqué dans plusieurs phénomènes santé. Mais avez-vous déjà entendu parler du microbiome ? Comment le définir ? En quoi est-il différent du microbiote ?

Microbiote et microbiome : Deux mots proches et pourtant différents

Bien qu’ils soient proches en termes de consonance, ces deux mots n’ont pas la même signification. Une étude récente (Berg et al., 2020) met en lumière les distinctions à faire entre microbiote et microbiome.

Le microbiote se définit comme l’ensemble des micro-organismes vivants sur ou à l’intérieur d’un être vivant. Il se compose principalement de bactéries, mais aussi de champignons, de virus, de protozoaires, d’archées… Le terme « microbiote » s’applique aux micro-organismes présents, c’est à dire à l’ensemble des individus comptabilisés.

Plusieurs microbiotes co-existent au sein d’un même organisme, dépendamment de l’organe colonisé. Ainsi, le plus connu et le plus étudié est le microbiote intestinal. Mais d’autres ont également fait l’objet de recherches tels que les microbiotes cutané, vaginal, respiratoire, oral

Le microbiome fait quant à lui référence à la somme de l’ensemble des organismes microbiens, associé à la totalité de leurs gènes évoluant dans un environnement particulier. Ainsi, le microbiome inclut le microbiote, les génomes, les métabolites microbiens et les conditions biologiques, physiologiques et chimiques de l’environnement.

Le schéma ci-dessous permet d’avoir une vision d’ensemble de ce que peut représenter le microbiome :

LC

Référence

BERG G, RYBAKOVA D, FISCHER D, CERNAVA T, VERGES MCC, CHARLES T, CHEN X, COCOLIN L, EVERSOLE K, CORRAL GH, KAZOU M, KINKEL L, LANGE L, LIMA N, LOY A, MACKLIN JA, MAGUIN E, MAUCHLINE T, MCCLURE R, MITTER B, RYAN M, SARAND I, SMIDT H, SCHELKLE B, ROUME H, KIRAN GS, SELVIN J, DE SOUZA RSC, VAN OVERBEEK L, SINGH BK, WAGNER M, WALSH A, SESSITSCH A, SCHOLTER M. Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges. Microbiome. 2020, 8(1):103